Heteropneustidae chứa chi Heteropneustes với 5 loài cá trê có túi khí sinh sống tại Nam Á (từ Pakistan tới Thái Lan) được một số tác giả coi là họ tách biệt, nhưng một số tác giả coi là phân họ trong họ Cá trê. Với Heteropneustidae và Clariidae như là các họ tách biệt, một bài báo gần đây gộp chúng trong liên họ Clarioidea. Mối quan hệ của cá trê với các họ cá da trơn khác vẫn chưa chắc chắn[3].

Các chi

• Bathyclarias: 8 loài, châu Phi
• Channallabes: 6 loài, châu Phi
• Clariallabes: 16 loài, châu Phi
• Clarias: 60 loài, trong đó 32 loài ở châu Phi và 28 loài ở châu Á. Loài cá trê Phi (Clarias gariepinus) cũng sinh sống ở khu vực Trung Đông và được du nhập vào nhiều nơi.
• Dinotopterus: 1 loài đặc hữu hồ Tanganyika
• Dolichallabes: 1 loài ở sông Chiloango và trung lưu sông Congo
• Encheloclarias: 6 loài, châu Á
• Gymnallabes: 2 loài, châu Phi
• Heterobranchus: 4 loài, châu Phi
• Horaglanis: 3 loài cá trê mù đặc hữu Ấn Độ
• Platyallabes: 1 loài ở hạ lưu sông Congo và vực Malebo.
• Platyclarias: 1 loài ở thượng lưu sông Kwango (Angola).
• Tanganikallabes: 3 loài đặc hữu hồ Tanganyika
• Uegitglanis: 1 loài trong hang động gần các sông Jubba và Shebelle (Somali)
• Xenoclarias: 1 loài cá trê nước sâu hồ Victoria